来自国子监、被征召入院负责典籍整理的经学博士孔颖（与那位注疏《五经正义》的孔颖达同族）拍案而起，厉声斥责：“荒谬绝伦！尔等在此钻研奇技淫巧也就罢了，如今竟敢妄议天地，诋毁圣贤之教！天动地静，天尊地卑，此乃纲常伦理之基，天地定位之本！尔等假设地动，将置天子于何地？将置君臣父子之大义于何地？！此乃祸乱人心，动摇国本之邪说！我定要上奏朝廷，弹劾尔等狂悖！”
孔颖的怒吼，如同惊雷，在原本只是学术探讨的论学堂中炸响。支持新说者与坚守旧说者顿时激烈争论起来，场面一度失控。
消息很快传到李瑾耳中。他知道，思想的碰撞终究无法完全禁锢在学术象牙塔内。当新认知触及到旧世界观和伦理秩序的根基时，激烈的反弹是必然的。他必须亲自面对这场风暴，既要保护这株刚刚萌芽的科学幼苗，又不能与强大的传统势力彻底决裂。
几日后的“大论学堂”（格物院定期举办的公开学术交流活动），李瑾亲自主持，并特意邀请了那位孔颖博士，以及院内对“日心说”有疑虑的学者，还有陆明远、赵玄默、清玄子等人。甚至，一些消息灵通、对此事感兴趣的朝廷官员和洛阳名儒，也闻风而来，将论学堂挤得水泄不通。所有人都知道，今天将有一场关于“天”与“地”的根本性辩论。
李瑾没有直接阐述“日心说”，而是从实际问题出发。他让陆明远展示了司天台近百年来对金星、火星位置观测的记录与浑天说模型推算结果的误差累积表。又让赵玄默用两种模型（极度简化的日心圆形轨道模型 vs 传统均轮本轮模型）对下一次金星“大距”和火星“冲日”的时间、位置进行了推算，并将结果封存，宣布待天象发生后再验证。
然后，他展示了那个太阳系模型，但强调这只是一个“帮助思考的辅助工具”，一种“数学假说”。他重申了格物院的原则：尊重观测事实，运用数学工具，哪种假说能更简洁、更准确地描述和预测自然现象，就更值得被考虑和检验。
“天道幽远，人力有穷。” 李瑾面对众人，声音沉静而有力，“吾辈格物，非为挑战圣贤，实为探究造化之妙，以利生民。历法不准，则农时易误；海图不精，则舟师迷航。探究星辰运行之本相，旨在制定更精之历，绘制更准之图。至于天尊地卑，乃人伦大义，关乎治道，与星辰运转之物理，或可并行不悖。譬如，父母尊于子女，乃人伦；然父母子女皆立于大地之上，同受日照，此乃物理。二者层面不同，何必混为一谈？”
他
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