领袖，在亲眼目睹了这一切后，只能无奈地带着残兵败将逃回海上。
十几天以后，卢循汇合孙恩频繁进攻句章城，每次都被刘裕击败。
刘裕虽然连战连胜，但考虑到众寡悬殊太大，于是假装弃城而逃，诱使起义军蜂拥进城。他乘其懈怠，发兵伏击，大败义军。
孙恩和卢循畏惧被擒，于是在临海投海而死。
刘裕在灭孙恩、卢循、桓玄以后，彻底掌权，刘裕掌权后，诛杀了反对自己的“江左冠族”、尚书左仆射王愉及其子、荆州刺史王绥（桓氏亲党）。
此外，光禄勋丁承之、左卫将军褚粲、游击将军司马秀“役使官人”一事，遭御史中丞王祯之揭发，三人的在给朝廷的谢笺中颇有怨言。刘裕奏报司马遵，认为他们“横兴怨忿，归咎有司”，将其全部免官。
桓玄虽死，余党尚存。因为讨伐军的疏忽，桓玄之子桓振逃到华容的涌中，重新召集追随者数千人，袭取江陵。
何无忌等人进攻江陵，与桓振在灵溪交战，于杨林遇伏溃败，退回寻阳。与此同时，兖州刺史辛禺、北青州刺史刘该均起兵叛乱，但很快被讨平。
刘裕兼领青州刺史，获准带“甲仗百人入殿”。同年底，刘毅等再度兵临夏口，连克鲁城、偃月垒。十二月，讨伐军收复巴陵。
同年，刘裕遣使到后秦，要求后秦归还之前占领的南乡、顺阳、新野、舞阴等淮北诸郡，后秦皇帝姚兴或鉴于西面战事吃紧，不想再在东面与刘裕为敌，于是答应将淮北十二郡全部归还。
此时乞伏乾归背叛后秦帝国，重新复国建立西秦王国，赫连勃勃杀了高平公没奕于，接收了他的部下，宣布背叛姚兴。
同时谯纵在桓玄叛晋建立楚国，桓玄也诛杀毛璩和他的弟弟毛瑷，屠灭了他们全家，毛璩死后，谯纵自称成都王，建立西蜀政权，任命堂弟谯洪为益州刺史，弟弟谯明子为镇东将军、巴州刺史，率领徒众五千人屯驻白帝城。
可惜谯纵建立西蜀不久，就得知才建立不到一年的桓楚帝国就被刘裕灭了，在刘裕收复扬州、荆州，以后十分惶恐，谯纵向后秦遣使称臣。
谯纵派使节前往后秦，请求作为后秦的藩属国，同时又与交州的卢循暗中勾结。谯纵向后秦呈上奏章，请求允许桓谦前来，打算和他一起进攻刘裕。
后秦皇帝姚兴于是派他桓谦前去。桓谦到了成都，虚心谦恭，招纳各地投靠的人士。谯纵对他渐渐生起猜忌之心，把他软禁成龙格，并派人看守他。
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