暗地里却派遣奇兵绕到吴汉军后面，吴汉只遏前敌不及后顾，竟被王延岑冲破后队搅乱阵势。吴汉军腹背受敌当然溃散。吴汉被挤入水中几至灭顶，亏得眼明手快攀住马尾，马识人意，徐徐将吴汉引出。
十一月，吴汉的副将臧宫军到咸门，公孙述命王延岑拒臧宫，自率数万人出城大战。吴汉使护军高午、唐邯率精兵数万人冲锋陷阵。蜀兵大乱，高午持槊急进猛刺公孙述胸部，公孙述痛不可耐撞落马下，左右抵死将公孙述救入城内。
王延岑得知公孙述负伤消息，鸣金退回。入城见述，公孙述模糊说了数语，挨到日暮便死了。王延岑为具棺殓，草草办就。到了翌晨，王延岑自觉无力拒守，于是开城出降。
吴汉率部入城，可是三日后突然变脸，族灭公孙述、延岑家族，“放兵大掠，焚烧宫室”，生灵为之涂炭。刘秀听说后龙颜大怒，下诏责备道：“成都已经投降，那么多妇孺老幼都被你们杀害，你知道有多少人为此伤心吗?”接着又指责副将刘尚说：“你也是皇族子弟，在地方上历练多年，难道不知道家里有把破笤帚也要好好珍重吗（成语“敝帚自珍”的出处）？怎么能做出这种丧心病狂的暴行来呢？你让朕还怎么吊民伐罪呢？”刘秀严令吴汉不准重施故伎，同时让张堪做好安民工作，礼遇那些降臣，征辟蜀中贤士。如此恩威并施，蜀地暂时安顿下来。
吴汉虽然挨了一顿骂，但并没有受到其他处罚。刘秀还准其回老家宛城祭祖，并赏谷米二万斛。由此可见吴汉在刘秀心中的地位无可撼动。
刘秀为什么对吴汉这么好呢？中国戏剧中有个传统剧目叫做吴汉杀妻。
剧情大概是这样：刘秀在南阳招兵买马，想要收复汉家江山。王莽便下令通缉刘秀。刘秀偷偷地跑到潼关，在一个饭馆里遭到刺杀，但幸好被店家和秦忠救下，之后刘秀带着秦忠一起前往马府。在这里，刘秀受到马家父女的款待。
吴汉是王莽的女婿，他妻子就是王莽的次女王晔，新朝称“南宁公主”。吴汉一直追到马府，绑了马家的老爷，要他交出刘秀。这时吴汉的母亲告诉吴汉王莽是杀父仇人，叫他放了刘秀并杀死自己的妻子。吴汉的母亲以死相逼，在经过一番挣扎之后，吴汉答应了母亲的要求。
吴汉的妻子正在庵堂里为他祈祷，吴汉一时不忍心，错过了好几次机会。其实吴汉的妻子已经知道了实情，为了不影响丈夫的前途，干脆抢过吴汉手中的剑自杀了。吴汉的母亲见到这一幕之后，也选择自尽。面对此情此景，吴汉只好纵火毁家追随刘
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