他虽然保守，但为人还算正直，也是个好官。翁同龢在看到状纸之后，发现杨乃武是个读书人，而且案情也确实有蹊跷之处，所以他决定给夏同善一个面子，将此事上报给慈禧太后。
杨乃武虽然被屈打成招，但他好歹是个举人，也有一定的人脉，所以他才想着让姐姐杨淑英去疏通关节，替他翻案。如果杨乃武只是个普通老百姓，那他的诉求是很难直达天听的，
所以说，自古至今，人脉关系都是很重要的，有时候甚至可以保命。
慈禧太后见连翁同龢都出动了，那得给点面子，就下令浙江巡抚杨昌濬重审此案，并且还派遣监察御史王昕到余杭私访。
王昕不敢怠慢，便到卷宗上所说的杨乃武的同仁堂去调查，结果发现同仁堂根本就不。这下问题就大了，这就意味着杨乃武案存在巨大的漏洞，而浙江从上到下的官员，居然没有一个人发现！
浙江巡抚杨昌濬在得知此事之后，依然上奏慈禧太后说，原案没有问题，维持原判！
杨昌濬是哪儿来的胆子，敢跟慈禧太后叫板呢？
原来，太平天国运动之后，包括浙江在内的南方大部分地区，早已成为以左宗棠和曾国藩为首的湘军集团的势力范围，军权和财权都不归清管，当地的大小官员也几乎都是湘军出身，而杨昌濬本人更是左宗棠的亲信。
在这种情况下，杨昌濬仗着湘军做靠山，自然是有恃无恐，他认为慈禧太后不会因为一个小小的刑事案件而得罪整个湘军。
但是，在慈禧太后心中，他一直在找机会收回对南方的控制权，而杨乃武与毕秀姑的冤案就是一个很好的机会，可以借此对在浙江任职的湘军集团实施打击。所以说，杨乃武和毕秀姑案已经不再是一件单纯的命案了，而是上升到了政治斗争的高度。
慈禧太后对杨昌濬的奏折自然是不满意的，于是她派遣了浙江学政胡瑞澜作为钦差大臣去重新调查杨乃武和毕秀姑案。
为什么不派个专业断案的人去，而派一个学政去呢？因为慈禧太后也没办法，浙江大部分官员都是湘军集团的，只有这个胡瑞澜不是，而且他对朝廷还比较忠心。
但是，也正是因为胡瑞澜对断案一窍不通，所以他根本不知道如何下手。再加上余杭知县刘锡彤为了自保，重金贿赂胡瑞澜，所以胡瑞澜便对毕秀姑严刑逼供，最终迫使她再次指认杨乃武就是帮凶。
在取得毕秀姑的供词之后，胡瑞澜作出了维持原判的结论：
经反复推究，供词佥同
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