性，令上下尽可能融为一体。因此，他大体还是效仿晋室，在王国中设立了尚书省、中书省、门下省。职能也相同，由中书省起草政令，门下省审核政令，尚书省执行政令。
当然，在具体结构上，刘羡还是根据实际需要，调整了一些不太适合的地方。
晋室将尚书省分为吏部、殿中、五兵、田曹、度支、左民六曹，一曹设一尚书。其中吏部尚书主管全国人事，殿中尚书主管宫内人事，五兵尚书主管全国军务，田曹尚书主管全国的屯田事宜，度支尚书主管具体的财政开销，左民尚书主管全国户籍登记与民事上诉。
以刘羡当下的情况，没必要将宫中与国内的人事分开，于是便省去了殿中曹；度支与左民两曹的职能略有重迭，便将其合并，成立户部曹；又因蜀中要长期治理水患，动用人力修缮道路与城池，另设工曹；最后设官营曹，主管全国的盐铁以及蜀锦贸易，平抑物价，以后若能重新发布五铢钱，也将划归此曹。
确认好机构后，刘羡以李矩为尚书令，李盛为中书令，何攀、诸葛京、范贲为侍中。陆云为尚书左仆射，傅畅为尚书右仆射，郤安为吏部尚书，张固为五兵尚书，吕渠阳为工曹尚书，曹苗为田曹尚书，阮放为户部尚书，薛兴为官营尚书。这便是刘羡的首任三省名单，基本都是司隶府时期就跟随刘羡的老人。
三省设置后，其实已经能覆盖国内大部分实务，但考虑对蜀地本身人才的安抚，刘羡又设九卿，在尚书省协调下处理实务。他们分别是太常薛懿，宗正刘玄，卫尉杜毗，太仆孙熹，廷尉李赐、大鸿胪阎缵，少府何观，光禄勋文琰，大司农陈恢。
同时为了保证官风，纠正不法，刘羡实际上又以刘琨为司隶校尉，刘沈为御史大夫，来监督成都官僚的运行。
而在地方上，刘羡取消了梁州的建制，重新恢复大益州，自己担任益州牧，国内十四个郡皆由朝廷进行直辖，并且进一步推进郡县的军政分离。
因此，刘羡恢复蜀汉的四大都督制度。郡县内依旧设县尉、都尉，负责境内的征兵、练兵、治安等军务，但地位却大不相同。太守县令虽仍是郡县长官，但都只有对县尉、都尉的建议权，而无法直接指挥。这些都尉、县尉多由将军或校尉兼任，只有少数能力出众的太守才能自己兼领。且一旦负责军务，他们将都直接服从上级都督的指挥。
其中魏浚担任南郑都督，统领汉中、武都、阴平三郡军务；
杨难敌担任阆中都督，统领梓潼、巴西、广汉三郡军务；
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