如果说前面这些问题，还都可以想办法解决，那接下来的才是难题。
基层吏治的崩坏，更是让新政执行极易走样，成为西北推行一条鞭法的沉疴痼疾。
西北战乱绵延十余年，基层官府早已形同虚设，州县官吏或缺额、或贪腐、或无能，乱象丛生。
铁铉初抵西安府核查吏治时，便触目惊心——陕甘两地下辖四十余州县，竟缺知县、县丞等正印官三十余人，不少县衙仅靠一名年迈主簿带着两三个衙役勉强维持运转，文书堆积如山，户籍田册残缺不全，连最基本的治安巡防都难以保障。
而在岗的官吏中，十之六七是战乱时投机上位的劣绅子弟或兵痞之流，毫无理政经验，对朝廷新法条文更是一知半解。
他们推行新政时，要么刻板照搬江南章程，全然不顾西北地瘠民贫的实情；要么肆意曲解条文，将新政当作搜刮民脂的工具。
铁铉在巩昌府暗访时，便撞破一桩荒唐事：该县丞竟将朝廷“垦荒五年免税”的诏令，公然曲解为“五年内无需登记田亩”，唆使流民随意圈占土地，不必到官府备案。
如此一来，当地田亩归属彻底混乱，清丈工作陷入僵局，豪强趁机兼并沃土，贫苦流民却只能守着盐碱荒地望洋兴叹。
更有甚者，部分官吏与地方豪强、卫所将领、民族部落首领沆瀣一气，结成盘根错节的利益共同体，明里暗里阻挠新法推行。
他们或勾结豪强虚报垦荒亩数，骗取朝廷发放的种子、农具，转手高价倒卖牟利；或与卫所将领私分军屯土地，将流民垦荒的熟地划入军屯范围，逼迫百姓沦为佃户；或受部落首领贿赂，对游牧民族私占耕地的行为视而不见。
百姓看在眼里，恨在心里，却慑于其权势，敢怒不敢言。
铁铉虽雷厉风行，严惩了数名贪赃枉法的官吏，抄没家产、流放边疆以儆效尤，但西北地域辽阔，州县相隔千里，山高皇帝远，想要全面整肃吏治，无异于杯水车薪。往往是这边刚查处一案，那边又有官吏顶风作案。
新政执行层层走样，百姓对官府的信任度一落千丈，不少流民甚至对“以工代赈、垦荒拓田”的国策产生疑虑，宁可流离失所，也不愿再轻易相信官府的许诺。
最后的难题，便是税源分散与百姓贫弱交织，让西北的税收征管难如登天。
西北本就地广人稀，经连年战乱，更是村落凋敝，十室九空。
流民们奉旨垦荒，多是寻着水源充足、地力稍好的零散地块
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